Environ 30% des épilepsies sont réfractaires c.-à-d. qu'en dépit des meilleurs traitements médicamenteux, aux doses maximales tolérées, et dans les meilleures combinaisons, les crises ne peuvent être éradiquées. La majorité de ces cas sont des épilepsies focales.
On peut donc alors envisager de réséquer, au niveau du cerveau, le foyer responsable des crises.
Pour être accessible à la chirurgie, ce foyer épileptique ne doit pas se situer dans une zone fonctionnelle importante. L'intervention chirurgicale pourrait alors provoquer des séquelles graves. Seules les zones non indispensables sont opérables; c'est-à-dire les zones pour lesquelles une intervention ne provoquera aucune séquelle neurologique ou des séquelles mineures.
La chirurgie de l'épilepsie du lobe temporal est l'exemple le plus fréquent d'intervention chirurgicale. De surcroît cette région est d'accès relativement aisé pour la chirurgie, et le taux de succès est élevé. C'est de loin l'intervention la plus souvent pratiquée.
La résection du foyer épileptique peut s'effectuer sur les autres lobes du cerveau mais avec un moindre taux de réussite. Une alternative à la résection du foyer est la section des voies de propagation du signal électrique anormal. La callosotomie, par exemple, est la section du corps calleux qui est la plus importante voie de communication entre les deux hémisphères cérébraux.
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