La seule cause connue du SII est la gastro-entérite. Elle serait à l'origine d'environ 20% des cas. Plusieurs bactéries peuvent en être responsables: E Coli, Salmonelles, Shigelles... Elles sont parfois contractées à l'occasion d'un séjour dans un pays tropical. Généralement, une infection gastro-intestinale ne dure que quelques jours, et se traduit par des diarrhées, des vomissements, de la fièvre et des nausées. Mais parfois, les douleurs abdominales et la diarrhée persistent. Et le SII s'installe. Les mécanismes expliquant la persistance de ces symptômes restent imprécis.
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