L'objectif du traitement de fond est de ralentir la progression de la sclérose en plaques. Les traitements utilisés actuellement permettent tous de diminuer la fréquence des poussées et de réduire la progression du handicap avec le temps. Malheureusement, ils ne permettent pas de récupérer du handicap accumulé lors des poussées. Il est donc primordial de débuter au plus tôt un traitement de fond. Certains traitements peuvent même débuter dès la première poussée et continueront à être actifs tant que le patient continue à faire des poussées, même s'il entre en phase secondairement progressive.
Jusque 1996, aucun traitement de fond, administrable à long terme, n’existait. Depuis environ une quinzaine d’années, quatre traitements injectables sont disponibles: trois interférons bêta (Avonex®, Betaferon® et Rebif®) et l’acétate de glatiramère (Copaxone®). Depuis octobre 2014, un nouveau traitement par la bouche, le teriflunomide ou Aubagio® est aussi disponible.
Tous les cinq ont des effets globalement comparables sur la sclérose en plaques. Quand on compare un groupe de patients traités à ceux qui ont reçu un placebo, ils réduisent la fréquence des poussées d’un tiers. À titre individuel, il y a des patients qui répondent au traitement qui ne font plus ou peu de poussées et des patients qui n’y répondent pas qu’il convient d’identifier.
Ces traitements permettent aussi de ralentir la progression du handicap. Puisque les effets sur la maladie sont comparables, ce sont principalement les effets secondaires et les modalités d'administration qui guideront le choix du patient en concertation avec son neurologue.
L’efficacité à long terme est mal connue. En cas de survenue de plus de poussées avec séquelles et/ou d’activité significative à l’IRM, l’efficacité du traitement peut être mise en doute. Soit la maladie est devenue plus active, soit le traitement est ou est devenu inefficace, par exemple suite à l’apparition d’anticorps neutralisants. En effet, suite à l’injection répétée d’interféron, le corps peut produire des anticorps contre le traitement qui vont abolir l’effet du traitement.
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