Les interférons ont démontré leur utilité dès la première poussée. Un traitement précoce permet de prévenir l’accumulation de séquelles irréversibles. En Belgique, Avonex®, Betaferon® et Copaxone® sont remboursés dès la première poussée. Rien ne s’oppose donc à un traitement précoce. Pourtant, après une seule poussée, il est impossible de dire quand surviendra la suivante. La décision de traiter tôt dépend principalement de la motivation du patient et de la présence de signes d’évolution de la sclérose en plaques. Un suivi grâce à l'IRM peut ainsi démontrer l’apparition de nouvelles plaques sans nouvelles poussées. Dans tous les cas, il conviendra de comparer les bénéfices attendus aux possibles effets secondaires.
La question de la durée du traitement est souvent posée en début de traitement. Puisque le but du traitement est de ralentir la maladie et pas de la guérir, il n'y a pas de durée prédéfinie. Les interférons ralentissent la progression de la maladie tant que persistent des poussées, même en phase secondaire progressive (en Belgique, Betaferon® et Rebif® sont ainsi remboursés dans la forme secondaire progressive débutante). Le traitement sera donc poursuivi tant qu'il est efficace. L'arrêt du traitement sera décidé si l'affection évolue trop vite, si le handicap est devenu trop sévère ou si les effets secondaires sont devenus intolérables.
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