Lorsqu'une cystite n'est pas ou mal soignée, les bactéries peuvent s'installer de manière durable dans la vessie, et la réenflammer à intervalles réguliers. La cystite récidivante présente les mêmes symptômes que la cystite simple.
Des germes présents dans la vessie peuvent infecter les reins en remontant les uretères: c'est la pyélonéphrite. Dans un premier temps, les symptômes sont identiques à ceux de la cystite. Fièvre (plus de 38 °C), frissons et douleurs lombaires viennent ensuite compléter le tableau. Cette maladie est plus longue à traiter que la cystite (entre dix à quinze jours de prises d'antibiotiques). Si elle devient chronique, la pyélonéphrite peut avoir des conséquences potentiellement graves. En effet, la capacité de fonctionnement des reins peut se trouver diminuée.
On parle de septicémie lorsque les germes se disséminent dans tout l'organisme par le biais du sang, et que l'infection se généralise. Frissons et fièvre élevée caractérisent cette maladie qui peut être fatale aux patients les plus fragiles (personnes âgées ou malades chroniques, par exemple). Le traitement consiste à administrer par voie intraveineuse une association d'antibiotiques pendant au moins dix jours. Une hospitalisation est donc nécessaire. Cette complication de la cystite est néanmoins plus rare que la pyélonéphrite.
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