Les maladies lysosomales sont dues au déficit d'un enzyme lysosomal particulier. Il existe une cinquantaine d'enzymes lysosomaux différents, assurant chacun une fonction particulière de dégradation enzymatique. Une cinquantaine de maladies lysosomales différentes sont également connues.
Le déficit d'un enzyme lysosomal a une cause génétique: il apparaît si la personne ne possède pas, dans son patrimoine génétique, de gène capable de produire l'enzyme en question. Le patrimoine génétique est constitué de 23 chromosomes qui contiennent environ 250.000 gènes. Nous possédons une paire de chaque chromosome – l’un hérité de notre père et l’autre de notre mère – et donc aussi deux exemplaires des gènes codant chacun des enzymes lysosomaux. Il peut arriver qu'un exemplaire d'un gène soit rendu inactif à cause, par exemple, d’une erreur dans l’ordre de succession de l’ADN du gène, autrement dit une mutation. Si les deux gènes pour un enzyme sont rendus inactifs par une mutation, les cellules ne seront plus capables de produire l'enzyme lysosomal codé par le gène, et la maladie correspondante apparaîtra. Par exemple, l'inactivation par une mutation des deux gènes de la glucocérébrosidase lysosomale entraîne la maladie de Gaucher. C’est ce qu’on appelle une transmission autosomique récessive – la maladie ne se déclare pas tant qu’il n’y a pas deux gènes anormaux. Certaines maladies de surcharge lysosomale, comme la maladie de Fabry, sont récessives liées à l’X. Le chromosome X est le chromosome féminin, les filles et les femmes en possèdent 2 (XX) et les garçons et les hommes 1 (XY). Comme il n’y a pas d’allèle sur le chromosome Y pour le codage de l’enzyme en question, la mutation sur le chromosome X est «suffisante» pour que la maladie se manifeste (voir aussi plus loin).
Lorsque les deux exemplaires d'un gène codant pour un enzyme lysosomal sont inactivés par une mutation, le processus de digestion lysosomal au sein de la cellule est perturbé, les molécules non digérées par les enzymes s'accumulent dans les lysosomes. Le nombre et la taille des lysosomes augmentent dans la cellule, entraînant une anomalie de fonctionnement de cette dernière voire sa mort. C'est ce mécanisme qui est responsable de l'apparition des symptômes des maladies lysosomales
Les maladies lysosomales sont nombreuses, et se manifestent de façon très différente:
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